Í stjórnsýsluúttekt Ríkisendurskoðunar segir að fyrir þessu séu aðallega tvær ástæður: Annars vegar hafi umhverfisráðuneytið og Umhverfisstofnun ekki verið nægjanlega samstiga í afstöðu sinni til forgangsröðunar þeirra málefna sem stofnunin sinnir.
Hins vegar hafi stofnunin ekki nýtt sér til fullnustu möguleika sína að ná fram aukinni hagkvæmni, svo sem með auknu samstarfi sviða og markvissu verkbókhaldi.
