Geir taldi að málsmeðferð íslenska ríkisins í málinu hefði brotið gegn 6. gr. Mannréttindasáttmála Evrópu (MSE) en hún kveður á um réttinn til réttlátrar málsmeðferðar fyrir dómi. Þá taldi hann einnig að brotið hefði verið gegn 7. gr. sáttmálans sem kveður á um að óheimilt sé að gera manni refsingu nema hann hafi brotið gegn lögum.
Í máli Geirs fyrir dómnum var meðal annars sett út á rannsókn þingmannanefndarinnar, að brotið hafi verið gegn rétti hans til að tjá sig á rannsóknarstigi málsins og að málsókn gegn honum hafi verið pólitísk. Þá hafi aðgangur hans að gögnum málsins ekki verið fullnægjandi. Þá taldi Geir saksóknara málsins, Sigríði Friðjónsdóttur, vera vanhæfa þar sem hún hafði gefið sérfræðiálit á meðan á rannsókn málsins stóð.
Þessu hafnaði dómurinn. Benti hann meðal annars á að Geir hefði staðið til boða að tjá sig en hann ekki nýtt sér það. Þá taldi dómurinn að þó ákvörðun um málsóknina hafi verið tekin af þinginu hafi málsmeðferðin í kjölfarið ekki brotið gegn ákvæðum sáttmálans. Þá var ekki talið að 6. gr. MSE fæli í sér rétt til þess að saksóknari málsins væri hlutlaus.

Dómarar MDE voru sammála um að sýkna ríkið af kröfum sem varða brot gegn 6. gr. MSE. Einn dómari af sjö skilaði hins vegar sératkvæði varðandi brot gegn 7. gr. MSE og tók undir þau sjónarmið sem fram komu í atkvæði minnihluta Landsdóms um að refsiheimildin hafi ekki verið nægilega skýr.
„Sú niðurstaða Landsdóms að sýkna mig af alvarlegustu sökunum sem á mig voru bornar skiptir mestu máli fyrir mig. Ég vann landsdómsmálið efnislega. En í ljósi þess að ég var sakfelldur án refsingar fyrir eitt minni háttar atriði í málinu taldi ég mér skylt að fá úr því skorið hjá [MDE] hvort Alþingi hefði með málsmeðferð sinni og málshöfðun brotið gegn [MSE],“ segir í yfirlýsingu frá Geir H. Haarde. Hann bætir því við að hann virði niðurstöðu MDE.
„Mér finnst skiljanlegt að Geir hafi látið á þetta reyna enda var mál hans mjög merkilegt og um óvenjuleg réttarhöld að ræða,“ segir hæstaréttarlögmaðurinn Geir Gestsson.
„Það kemur mér nokkuð á óvart, miðað við hvað niðurstaða MDE í málinu er afgerandi, að málið hafi fengið efnismeðferð fyrir dómnum í upphafi. Slíkt þýðir oft að þú sért með sterkan málsstað og í raun bjóst ég ekki við fyrirfram að ríkið yrði sýknað,“ segir Geir.