Aguero samdi við Barcelona á frjálsri sölu frá Manchester City eftir að samningur hans við City rann út. Helsta hvöt Aguero fyrir því að semja við Barcelona á lakari kjörum en það sem hann fékk hjá City, var að spila með vini sínum til margra ára, stórstjörnunni Lionel Messi.
Bæði Aguero og Messi spiluðu saman hjá argentínska landsliðinu en Aguero vildi fá að spila með Messi í félagsliði áður en skórnir færu á hilluna.
Aguero opnaði sig um það hvernig hann komst að því að Messi væri að yfirgefa Barcelona í viðtali við blaðamanninn Jose Alvarez.
„Ég var með félaga mínum sem er í símanum sínum en horfir skyndilega á mig og spyr mig hvort þetta sé grín. Þá sýnir hann mér mynd af tilkynningu Barcelona. Ég var viss um að einhver hafi brotist inn á aðgang Barca á samfélagsmiðlum. Ég hélt að þetta væri einhverskonar grín,“ sagði Aguero.
Þá var tilkynnt um að Messi hafi yfirgefið Barcelona vegna fjárhagsörðugleika spænska liðsins en síðar gekk Messi til liðs við Paris Saint-Germain. Sú tilkynning kom ekki einungis Aguero í opna skjöldu, heldur einnig öllum knattspyrnuheiminum.
Aguero náði því aldrei að leika með sama félagsliði og Messi. Þegar allt kom til alls var ferill Aguero hjá Barcelona stuttur þar sem hann lék einungis fimm leiki fyrir félagið vegna hjartsláttartruflana sem urðu til þess að leikmaðurinn varð leggja skónna á hilluna, fyrr en áætlað var.